Im März 1799 kehrten die Franzosen in bedeutender Zahl wieder zurück, um Österreich zu züchtigen, ferner mit der Absicht, die Revolution in der Schweiz und in Italien anzufachen und schliesslich das Fricktal als Pfand für den Friedensvertrag von 1797 zu sichern. Nun organisierte sich ein besonderes Distriktsbüro, dessen Spitze der kaiserliche Oberamtmann bildete. Zu seinen Mitgliedern zählte unter anderen auch der Obervogt der Landschaft Möhlinbach und ein Statthalter - bald aus dieser, bald aus jener Gemeinde. Das Büro hielt auch einen Sekretär, der die Leistungen der Gemeinde zu registrieren und die Korrespondenzen zu be-sorgen hatte. Dieses Büro funktionierte bis 1802.
Über die Zeit von 1799 – 1803 konnten im Archiv keine vollständigen Unterlagen aufgefunden werden, deshalb wird aus der Dorfchronik des damaligen Lehrers Fidel Ness, welcher freilich teils etwas überschwänglich zu sein scheint, wort- und buchstabengetreu zitiert:
„Den 1. März 1799 kamen solche - die Franzosen - wiederum und zwar über einmal so stark, dass Zeiningen diese Nacht 15 Cavalleristen und über 400 Invanteristen nebst den dazugehörigen Offizieren einquartieren und zu verpflegen hatte. Diese Verpflegung sowohl für Mann als Pferd war ohne Schranken und Bestimmung, sondern so, was jeder verlangte, musste ohne sich zu weigern oder widerreden hergegeben und angeschaft werden. Wieviel Wein man ihnen geben musste, ist nicht anzusetzen, indem keine Bestimmung statt hatte, denn jedem musste hergegeben werden, so viel er verlangte; auch sogar brachen sie in einigen Häusern selbst gewaltsam in die Keller, um bessere oder anderer Gattung zu erhalten. Eben die nemliche Beschaffenheit war mit Fouragierung der Pferden, Korn oder Haber musste man geben, so viel sie verlangten, und Heu nahmen sie selbst. Solche Täg und Nächte hatte Zeiningen durch den Monat Merz mit ununterbrochener Einquartierung zu bestreiten, indem solche Truppen mit starker Macht, wie auch mit Artillerie der österreich-kaiserlichen Armee, welche einige Täge vorher sich aus unserer Gegend hinweg zoge, mit schnellen Schritten nacheylten. Dergleichen Durchmärsche hatte Zeiningen und diese Gegend beständig zu bestreiten, bis ungefehr anfangs April. Den 19. April hatte Zeiningen 300 Mann und so viel Pferde als Standsquartier einzuquartieren und solche zu verpflegen, welchen täglich ohne Offizierpferde 300 Heu-, 300 Haber oder Korn, 300 Stroh Razionen von Seiten der Gemeinde musste angeschaft werden, und dieses 3 Täge, nemlich bis 22. April, allwo solche abmarschierten, und statt denen 180 andere mit so viel Pferden nemlich Chasseur à chevall oder Jäger zu Pferd einrückten, welchen eben wiederum täglich 180 Heu- 180 Haber- und 180 Strohrazionen angeschaft werden mussten; alles dieses wurde ihnen bestimmt angeschaft und danach nöthigten sie den Quartiertrager noch nach jedem Verlangen noch Mehreres und zum Ueberflusse herzugeben. Die Verpflegung der Mannschaft war so, dass nur nach jedem seinem Verlangen und nach Gelüsten in Essen und Trinken musste aufgetrieben und angeschaft werden. Weil Wein vorhanden war, tranken sie nach Vergnügen, auch sogar Tabak und Pfeiffen mussten ihnen von den Bauern gekauft und angeschaft werden; kurz man that denselben, was beynahe zu thun unmöglich schiene, um nicht mit ihnen in gefährliche Streit und Verlegenheit zu gerathen. Bei diesem Truppenkorps war ein Colonel oder Obrist, welcher in dem Gasthaus zur Taube logierte, diesem musste von der Gemeinde täglich, ob er solches brauchte oder nicht, 1 Mütt (= 4 Sack) Kaffee, 1 M. Zucker, 1 M. Mandeln, 1 M. Magronen, 1 M. Meertrauben, 1 M. Zitronen u d. gl. angeschaft werden und ist ihm laut Ladenkonto angeschaft worden. Aller Sorten Fleisch, Wein, Weissbrod, Hennen, Enten, Tauben, frischen und andern Butter, Milch etc. mussten ihnen für ihn und andere Offiziers hergeschaft werden, so viel er verlangte. Dieses dauerte 10 Täge, nemlich bis den 1. May, an welchem sie abmarschierten (vgl. auch Schäsli-Bericht 2019 über das Gasthaus zur Taube). Von dato an hatte man beständig Einquartierung, oft Cavallerie oft Infanterie, und oft auch beider Sorten, und zwar allezeit stark, welche man sowohl Mann als Pferd wie die Obigen verpflegen musste, bis den 27, April 1800, allwo solche über den Rhein und den Deutschen nachmarschierten. Dann am 2. April 1799 schaften sie die Laufenburger und Säckinger und am 3. die Rheinfelder Rheinbrücke hinweg, durch dieses wurde die Komunikazion beyder Rheinseiten gänzlich und auf das Höchste gespert. In diesem Gegenstand wurden 3 Männer von Sulz, die sich um gegenseitigem Militair Dienste zu leisten gewagt haben, über den Rhein zu schiffen, zu Rheinfelden den 14. August d.J. von den französischen Militair durch Flintenschuss hingerichtet; ihre Leiche wurde auf dem Rheinfelder Gottesacker begraben. Eben solches Schicksal ereignete sich mit 3 Männern von Schwörstetten, welche in dem Lager bey Rüburg wie obige hingerichtet, und auf den Möhlemer Kirchhof begraben wurden. Vorgemerktem 27. April reatierten die gegenseitig am Rhein stehenden deutschen Truppen, und die Franzosen zogen sich sodann ihnen über den Rhein nach, durch dieses ist also die über Rhein gegenseitige Zusammenkunft wider hergestellt worden. Vom 1. März 1799 bis 27. April 1800 hatte Zeiningen nur gerechnet was man gewies weiss 1814 Mann, und 1868 Pferd in Cavallerie, dann 3278 Mann in Infanterie, von diesen hatte man einige mehrere Monate, einige mehrere Wochen, mehrere Täge auch einige nur über Nacht einquartiert; welche diesen allen die freye Verpflegung gegeben werden musste. Vom 1. März 1799 bis 27. Sept. 1800 hatte Zeiningen Fuhren für das Militär gethan: An Unterschiedliche 2902, unter diesen sind welche bis 50 Stund in Frankreich und Welschland, auch die auf Luzern, Zürich, Winterthur, Schafhausen und weiter in das Schwäbische nach und mit der Armeen fahren mussten; mit Blässierten (Selbstgefälligen) und andern Effekten nach Hüningen Colmar, Strassburg u.s.w. wie auch aus den Wäldern allwo sie Holz nahmen, und zu den Sägen oder an den Rhein führen liessen, waren täglich das Gewöhnliche. Ortonanz oder sogenannte Parkfuhren hatte Zeiningen geleistet 763. Diese Fuhren hatten nie zu unterbleiben, von welchen Zeiningen des Tags oft drey, oft zwo, auch oft nur ein zu stellen hatte. Gesamthaft betrugen die an das französische Militär erbrachten Leistungen (Materiallieferungen, Fuhren etc.) Fr. 84'594.07.
Nach dem Abmarsch jener Truppen unterm 27. April 1800 waren die Einquartierungen ganz gelinder, jedoch hörten sie nicht ganz auf, dann bald hatte man noch Cavallerie bald Infanterie und auch Fuhrwesen, jedoch nicht mit so grossen Ueberlass, auch das Fahren war viel gelinder, jedoch auch nicht ganz aufgehoben.1801 den 27. April hatte Zeiningen eine Compagnie Infanterie einzuquartieren, welche eben wie die erstere verpflegt seyn wollten, indem der Wein nicht mehr vorhanden war, so müsste Bier angeschaft werden, und diese bleiben bis den 3. März n. J. allwo sie abmarschierten. Dann wiederum den 24. September hatte Zeiningen bis den 13. Okt. n. J. 67 Mann mit 2 Offiziers einquartiert. 1802 den 1. August 2 Compagnie Infanteristen über Nacht. 1803 den 12. Juli 50, den 13. J. 126 Infanteristen und den 11. Febr. 52 Cavalleristen über Nacht. Auf dieses und während dieser Zeit wurde zwischen Frankreich und Deutschland an Friede gearbeitet, und unterm 9. Februar 1801 zu Lünewille zu Stand gebracht, und ist von den dahie Bevollmächtigten unterzeichnet worden. Vermög dieses Friedenschlusses wurde von seiner k. k. Majestät in Auswechslung an die französische Republik abgetrethen:
1. Die Grafschaft Falkenstein mit ihrem Zugehör.
2. Das Frickthal und alles was dem Hause Oesterreich auf dem linken Rheinufer zwischen Zurzach und Basel gehört; wobey die französische Republik sich vorbehält, letzteres Land an die Helvetische Republik abzutretten.
Durch diese sich ereignete Begebenheit, und noch besonders, da die ganze Helvetische Republik ganz umgewälzt und umgeändert wurde, kam das Frickthal an die Schweiz und an den Kanton Aargau, welchem Kanton also auf allgemeine Regierungsverordnung von ihr dahie beauftragten Behörde, Herrn Bezirksamtmann Fischinger den 27. September 1803 den feyerlichen Huldigungseid hiesiger Pfarrgemeinde abgenommen wurde, und eben diese Feyerlichkeit wurde durch diese Täge im ganzen Frickthal vorgenommen.“