Die Zeininger Pfarrkirche St. Agatha ist ein majestätisches Kulturgut in der Dorfmitte und gilt als besondere Sehenswürdigkeit. Seit der letzten Restaurierung im Jahre 1974 hatte ihr der „Zahn der Zeit“ sehr zugesetzt: Die Kirchenmauern waren verwittert, die Farbe an den Fassaden blätterte ab, die Wände und Decken im Innenbereich waren verrusst, die Ringmauer wies Risse und Wetterschäden auf. Im Einvernehmen mit der Denkmalpflege – das Gotteshaus steht unter eidg. Denkmalschutz – beschloss die Kirchenpflege, eine umfassende Sanierung in Angriff zu nehmen. Am 8. Dezember 2020 genehmigte die Kirchgemeindeversammlung einen Bruttokretit von 1.1 Mio. Franken.

Zur neueren Geschichte der Kirche im 20. Jh.: Chor und Sakristei gehörten ursprünglich dem Staat Aargau, Kirchplatz und Turm waren Eigentum der Einwohnergemeinde Zeiningen. Der Staat über­gab 1906 „schenkungsweise“ Chor und Sakristei der Kirchgemeinde; die Einwohnerge­meinde schenkte ihr „grosszügiger Weise“ 1933 Kirchplatz und Turm. Kurz darauf wurde das Gotteshaus samt Umgebung und das Pfarrhaus unter eidg. Denkmal­schutz gestellt, mit gravierenden Kostenfolgen für die Kirchgemeinde. Von 1930 – 1933 wurde das Kirchengebäude tiefgreifend umgebaut: das Schiff wurde er­weitert und der Turm wurde ersetzt (heutige Form). In den Jahren 1972 – 1975 wurde wiederum eine Gesamtsanierung der Kirche inkl. Aussenhaut und Ringmauer notwendig. An die Gesamtkosten von Fr. 1‘678‘000.- leistete die Denkmalpflege einen Beitrag von Fr. 250‘000.-. und die Einwoh­nergemeinde Zeiningen übernahm die Kosten für eine neue Turmuhr. 1980 folgte erneut eine „sanfte“ Renovation.

Unter der Leitung des Architekturbüros Steck + Partner AG und mit Begleitung einer Baukommission unter der Führung von Josef Brogli konnten die Arbeiten am Kirchengebäude Ende 2021 fristgerecht abgeschlossen werden: Dazu gehörten: die Sanierung der Aussenwände und des Turmes inkl. Zifferblatt, die fachgerechte Reinigung des Innenbereichs (Wände, Decken, Bänke, Statuen, Bilder, Fenster, etc.). Für die Sanierung der Ringmauer war im KV ein Betrag von 60‘000 Franken eingesetzt. Verschiedene Untersuchungen ergaben aber, dass sich die 120 Meter lange Mauer in einem viel schlechteren Zustand als angenommen befand. Auf Rat verschiedener Fachleute wurde eine umfassende, nachhaltige Sanierung ins Auge gefasst, welche einen Kostenaufwand von 285‘000 Franken verlangte. Am 16. November 2021 sprach die Kirchgemeindeversammlung einen Zusatzkredit von 225‘000 Franken. Ende 2022 konnten auch die Arbeiten an der Mauer ordnungsgemäss beendigt werden.