Auf einer Glasscheibe, die 1776 geschaffen wurde und in der Pfarrkirche St. Agatha (Zeiningen) zu sehen ist, erscheint die älteste bekannte Variante des Wappens (in Blau auf grünem Dreiberg ein grüner Rebstock mit roten Trauben, ohne Rebstecken). Die Wappenscheibe verweist auf den früher im Ort sehr verbreiteten und ergiebigen Weinbau. Im Wappenbuch Mumethaler aus dem 18. Jahrhundert wird für Zeiningen der Schild schräg links geteilt von Weiss mit grünem Z und von Rot angegeben. Im Wissen, dass der Rebbau in der Geschichte unzähliger aargauischer Gemeinden von Bedeutung war und dass sich deshalb mehrere Rebenwappen konkurrenzierten, schlug Walter Merz 1915 die Annahme des Mumenthalreschen Wappens vor - was unbefolgt blieb. Die Wappenkommission räumt eder  Zeininger Rebe aufgrund der bestehenden Quellen Priorität ein. Auf ihre Empfehlung wurde die Schildfarbe 1953 von Rot auf Gelb gewechselt.

Der braune Farbton widerspricht den heraldischen Farbregeln; dennoch lehnte die Gemeindeversammlung 2002 eine Korrektur ab.