Zur 1236 erstmals erwähnten spätmittelalterlichen Kirche von Zeiningen fehlen bis in die frühe Neuzeit jegliche Baunachrichten. Man weiss aber, dass der Leutpriester Ulrich von Zeinin­gen am 18. Juli 1236 Zeuge war bei der Verzichtleistung auf eine Gütervogtei zu Gunsten des Klosters Interla­chen.

Am 21. Dezember 1282 schenkte der römische König Rudolf (von Habsburg) das Patronatsrecht von Zeiningen und von Augst dem Bischof Heinrich IV. von Basel. Bis Ende des 18. Jahrhunderts war daher das Domkapitel Basel (seit 1679 in Arlesheim) Kollator der Kirchen Zeiningen und Kaiseraugst. Als solcher hatte es das Recht, den Zehnten zu beziehen und den jeweiligen Pfarrer zu ernennen, war aber verpflichtet zum Unterhalt des Chores. Für das Langhaus der Kirche sorgte die Gemeinde.

1588 wurde ein neues Gotteshaus an der gleichen Stelle gebaut.

Die Kirche hat im Laufe der Zeit den Platz gewechselt. Wo das jetzige Gotteshaus steht, war früher der Pfarrspeicher; die frühere Kirche dürfte wohl in der Nähe ge­standen haben.

Während des dreissigjährigen Krieges hatte Zeiningen, wie das ganze damals noch österreichische Fricktal, viel zu leiden. Ein Visitationsbe­richt aus dem Jahre 1634 gibt in lateinischer Sprache Aufschluss:

„Die Pfarrei führte Herr Johannes Heinrich Drexel, der am 20. Oktober hier fromm verstarb. An seine Stelle trat niemand. Defekte: Die Zehn­tenbriefe fehlen, die Kirche ist ganz zerstört, der Turm mit der Sakristei verbrannt, die Glocken ausgebrannt. Der Hochaltar ist ganz demoliert, so dass weder das Hochwürdige (Allerheiligste), noch die heiligen Öle aufbewahrt werden können. Es wird nie zelebriert. Die Altartücher und die übrigen Gebrauchsgegen-
stände wurden weggenommen. Die Abgaben wer­den nachlässigerweise dem Verwalter der Kirche nicht bezahlt. Das Pfarrhaus ist teilweise zerstört, die Friedhofmauer ruiniert. Die Pfarreiangehörigen beklagen das Fehlen des Pfarrers.“

Mit Kriegsende kamen 1648 auch für Zeiningen wieder ruhigere Zeiten. Die Gläubi­gen bemühten sich, Dorf und Kirche wieder instand zu stel­len. Zeiningen hatte im Jahre 1654 eine Einwohnerzahl von 230 Communicantes (= Gläubige, die kommunizierten) 1752 waren es bereits 471 Communicantes, also eine Verdoppelung innert hundert Jahren. Das hatte zur Folge, dass der Kirchen­raum nicht mehr genügte. Dieser war bedeutend kleiner als das heutige Gotteshaus. Der Turm stand in der Mitte der Ostseite und barg in seinem untersten Teil den Chorraum mit dem Hochaltar. Die Kirche war also, wie alle alten Gotteshäuser, nach Osten gerichtet.

Das jetzige Gotteshaus ist ein einfacher Barockbau von Baumeister Jakob Brogly aus den Jahren 1768-1770. Die früher geostete Kirche wurde in die jetzige Stellung gekehrt. Der Kulturkampf zwischen 1870 und 1900 hatte für die Kirchgemeinde Zeiningen keine Auswirkungen. Das Unfehlbarkeitsdogma des ersten Vatikanischen Konzils vom 18. Juli 1870 löste keine Kirchenspaltung aus und im Gegensatz zu vielen Ge­meinden im Unteren Fricktal blieb die Gemeinde dank einer beherzten Aktion von Pfarrer Ness, einem Einheimischen, römisch-katholisch, will heissen, das Gottes­haus ging nicht an die Christkatholiken über. 1825 wurde das Gotteshaus erneuert und 1848/49 innenrenoviert.1875/76 fand nochmals eine umfassende Renovation statt.

Chor und Sakristei der Kirche, das Pfarrhaus und das Frühmesserhaus (ehem. Pfrundscheune) wurden 1906 vom einstigen Eigentümer, dem Staat Aargau, an die Kirchgemeinde St. Agatha abgetreten. Kirchplatz und Turm gehörten der Gemeinde Zeiningen und gingen 1933 schenkungsweise an die Kirchgemeinde.

1930-1932 wurde die Kirche vergrössert und der Turm aus dem Jahre 1737 wurde durch den jetzigen ersetzt. Bei diesem Anlass wurden auch die alten, wertvollen Fresken aus dem Spätbarock, die von zwei verschiedenen Meistern stammen, auf­gefrischt. Bei der Tieferlegung des Kirchenschiffbodens um einen halben Meter stiess man auf „mehrere Fundamente“, welche besagten „dass auf diesem Platz schon mehrere kleine Kirchen standen“. Die Kosten dieser Umbauten beliefen sich auf rund Fr. 200‘000.-.

1970/71 erfuhr das Pfarrhaus eine Erneuerung und von 1972- 1975 wurde die Pfarr­kirche nach den Plänen des für Sakralbauten erfahrenen Architekten W. Moser, Ba­den, umfassend renoviert. Die Kosten beliefen sich gesamthaft, inkl. neuer Orgel der Firma Metzler, auf rund 2 Milli­onen Franken.

In den Jahren 1992/1993 wurde das Gotteshaus erneut einer Aussen- und Innenre­novation unterzogen. Eine erneute Gesamtrenovation des Gotteshauses wurde im Jahre 2021 durchgeführt. Die Arbeiten am Kirchenbau konnten im Dezember abgeschlossen werden – die Sanierung der Ringmauer wurde auf das Jahr 2022 verschoben. Die Kosten inkl. Mauer werden rund 1.35 Millionen Franken betragen. Daran leistet die kant. und die eidg. Denkmalpflege einen Beitrag von ca. 20 %.

Die Zeininger St. Agathakirche gilt als besondere Sehenswürdigkeit. Sie hat erle­sene Altäre, eine schöne Kanzel, kunstvolle Gewölbefresken und einen prachtvollen Hauptfresco. Kirche, Pfarrhaus und das Missionskreuz auf dem Kirchhof stehen unter eidg. Denkmalschutz.