Der Dreissigjährige Krieg (1618 - 1648), der des Glaubens wegen zwischen Katholiken und Protestanten vorwiegend in Deutschland geführt wurde, bleibt in der Weltgeschichte mit „blutigen Buchstaben“ (Quelle: C. Becker) aufgezeichnet. Damals wurden nicht nur blühende Städte und Dörfer verwüstet, nicht nur herrliche Kirchen und Klöster zerstört, sondern ganze Länder in Armut und Elend gestürzt, und „viele tausend Menschen durch Pest, Hunger u. Krieg jämmerlich aufgetrieben.“
Während des Krieges wurde auch Zeiningen verschiedentlich geplündert und gebrandschatzt. Die Bevölkerung hatte viel zu leiden. Handel und Gewerbe standen still. Die Bauern wollten ihre Felder – die durch Schanzwerkzeuge vernichtet waren - nicht mehr bebauen. Die Obstbäume waren gefällt, um dem Feind Deckungsmöglichkeiten zu entziehen. Sehr viele Bewohner sind bei den unruhigen Zeiten in die Eidgenossenschaft ausgewandert (geflohen). Das Volk war während der langen Kriegszeit im Allgemeinen roh und entartet worden (Quelle: Chronik AF)
Chronist Tschudi hält in seinem Bericht zum Dreissigjährigen Krieg fest: (….) „Berühmtheit hat sich aber nur Hw. Andreas Wunderlin* von hier und gewesener Stadtpfarrer in Laufenburg erlangt, doch mehr durch sein Schicksal. Er qualifizierte sich als ein Märtyrer aus dem Dreissigjährigen Kriege her. Weil er im Verdacht stand, von der Befreiung eines österreichischen Generals mittelst der Beichte zu wissen, wurde er den 3. März 1638 nebst dem Pfarrhelfer von Kaisten hingerichtet, nachdem beide vorher auf einer spitzigen Hechel gemartert wurden. Er soll zu den Gebildeteren seines Standes gezählt haben.“
*Siehe auch unter "Anderes": Legenden: «Ein Zeininger Märtyrer»​



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