Das Dorf dürfte vor dem Jahre 1000 entstanden sein. Die Tatsache, dass noch 1455 eine Burg erwähnt wird, erlaubt die Vermutung, dass jener Rappert ein Dorfadliger war, der sich mit seinen hörigen Bauern niederliess. Urkundlich wird Rappertshüsern erst im Jahre 1354 erwähnt. In Chroniken wird der Weg von Niederriburg nach Rappershausen wiederholt er­wähnt, ebenso der Weg der durch den „Burgstall“ gegen Rappershausen führt und der iden­tisch ist mit dem im Jahre 1455 erwähnten „Kirchweg“. Die Erwähnung des Kirchweges ist ein Hinweis darauf, dass Rappershausen zur Pfarrei Möhlin gehörte. Eine Urkunde von 1414 zeigt, dass die Grundherrschaft, d.h. das Obereigentumsrecht über Grund und Boden zu Rappershausen, nahezu in einer Hand geblieben ist. Am 4. April dieses Jahres erschien vor Jeckli Völmy, Vogt und Richter zu Zeiningen, der im Dinghof namens der Herrschaft Österreich richtete, Frau Süsli Richin, die Witwe des Ritters Günter Marschalk. Der Bruder dieser Witwe, der Ritter Hans Rich, verkaufte als Vogt seiner Schwester „25 schuoppossen gelegen umb das dorff zu Rappertshüsern“ an den Rheinfelder Bürger Albrecht Wescher. Das Dörfchen Rappertshausen (Rappershausen/Rapperstshüsern) war wie der ganze Forst Reichslehen. Zwischen den Ansprüchen der Inhaber des Reichslehens und des Grundherrn entstanden Schwierigkeiten, sodass im Jahre 1515 ein „undergang“, d.h. eine Beschreibung der gegenseitigen Rechte vorgenommen wurde. Dabei wirkte auch ein Hans Ruch von Zeiningen mit. Der Gemeindebann von Rappertshausen umfasste 535 Jucharten. Um 1500 schienen Grund und Boden des Dörfchens Rappertshausen fest in Rheinfelder Händen zu sein (Quelle: Chronik Möhlin).