Im ältesten Einkünfteurbar des Klosters Einsiedeln, zwischen 1217 und 1222 angelegt, erscheint „Ceiningen“, und 1224 wird das Dorf erstmals in einer Urkunde als Ceinigin erwähnt. Das Dorf ist alemannischen Ursprungs. Bei der Neugründung der Siedlung erfolgte die Benennung nach dem Namen des Häuptlings: «Die Zeiningischen sind die dem Zeino Untertänigen». Der Ortsname stammt vom althochdeutschen Zeiningun und bedeutet «bei den Leuten des Zeino» (Quelle: Wikipedia). Siehe auch unter "Anderes": Sagen und Legenden »Legende von Zeino.

Das „Dorf“, lediglich aus wenigen verstreuten Höfen bestehend, war dem Kloster Säckingen zinspflichtig. Vermutlich war eine Art Untervogt (ein Meier) im Dorf ansässig, der die Steuern eintrieb.

Altertumskundige wiesen darauf hin, dass das Dorf früher wahrscheinlich weiter talaufwärts lag, dort wo das Maienbächlein in den Möhlinbach einmündet. Bestärkt wird diese Vermutung durch die Tatsache, dass dort einst Gräber aus der Burgunderzeit abgedeckt wurden sowie durch eine Anmerkung im ältesten hiesigen Gemeinde-Grundzinsberein, wo bei einer pflichtigen Fläche folgende Bemerkung als Grenzbezeichnung eingefügt ist: „Von alters her der Gemeindespielplatz genannt, und unten ans Maienbächle“ (Quelle: Chronik Arthur Freiermuth AF).

Chronist J. Seiler (1861) berichtet dazu wie folgt: „Das Dorf, gebaut zwischen zwei gegenüberstehenden Bergrücken, am Ausgange der engen Talsohle, die sich von Wegenstetten herabzieht und den Thalbach einfasst, ist wohl einige Jahrhunderte an der jetzigen Stelle. Vielfache Gründe aber liegen vor, welche die höchste Wahrscheinlichkeit begründen, dass das Dorf in alter Zeit weiter oben im Thale stand, etwa da, wo das Maienbächlein, welches von der Höhe des Eigenried herunter, ein kleines Tälchen durchzieht, in den Thalbach einmündet, also in südöstlicher Richtung vom jetzigen Dorfe. Ganz besonders berechtigt zu einer solchen Vermutung die Stelle im ältesten hiesigen Gemeinde-Grundzinsberein, wo bei einem pflichtigen Stücke die Bemerkung als Grenzbezeichnung eingefügt ist: „von Alters her der Gemeindespielplatz genannt, und unten ans Maienbächle.“

Es ist anzunehmen, dass die heutige Ortslage aber seit über 1000 Jahren besteht.

Gemäss einem Bericht in den Basler Nachrichten Nr. 305 vom 24.12.1882 „sind in Zeiningen an der Südwestseite des sogen. Herrschaftsberges* drei Gräber aufgedeckt worden. Die nach Osten gekehrten Gräber sind ungefähr 2 m lang und 40 cm breit, mit Steinen eingefasst und von einander durch Zwischenwände geschieden oder abgeteilt. Das erste Grab scheint, nach den Knochenüberresten zu schliessen, eine weibliche Leiche enthalten zu haben; ein Halsschmuck, aus Korallen bestehend, fand sich noch teilweise vor; die zweite Leiche mag 180 cm gemessen haben; die dritte war kleiner, der Rumpf vom Schädel abgetrennt. Die Zähne zeigten eine bemerkenswerte Frische und sind sehr wohl erhalten. Nach den Knochen- und Schädelüberresten zu schliessen, mag die Grabanlage der burgundischen Zeit angehören. Es ist möglich, dass sich noch andere Gräber an dieser Stelle befinden.“

* (Herrschaftsberg nennen viele Zeininger – vor allem ältere Leute – den Zeiningerberg östlich des Dorfes. Früher war der Wald auf der Hochfläche Säckinger Klosterbesitz, deshalb die Bezeichnung Herrschaftsberg. Heute ist das Gebiet Staatswald)

Das Tal des Möhlinbaches war die östliche Talschaft des Sissgaues, das Tal des Mumpferbaches gehörte bereits zum Frickgau. Die Nachbargemeinden von Zeiningen waren:
Zutzikon, Mumpf, Wallbach, Rappershausen, Möhlin, Stadelbach und Magden.